誰もが終末を覚悟した1999年9月、荒廃した世界には磁気嵐が吹き荒れ、その影響を受けた地球規模の異常が発生していた。探偵事務所を営む南深騎のもとにはひとりの女性が訪れた。彼女が暮らす「クロック城」に出現する「スキップマン」退治を依頼したいと言う…